ИИ-система RFdiffusion3 проектирует белки на атомном уровне, достигая заданных функций в экспериментах
Главный смысл: Международная группа с участием Вашингтонского университета, Оксфорда и NVIDIA опубликовала в Science систему RFdiffusion3 — генеративный ИИ, который проектирует новые белки и нуклеиновые кислоты с точностью до отдельных атомов. Важно, что созданные ею белки уже сработали в реальных химических реакциях, а не только в симуляции.
-
Атомное проектирование. Предыдущие версии семейства RFdiffusion (2023 и 2025 годов) опирались на предсказатель структур RosettaFold и описывали аминокислоту целиком. Новая система, сделанная по мотивам архитектуры AlphaFold3, представляет аминокислоту до 14 атомами и правит их координаты напрямую — можно задавать форму активного центра фермента до водородных связей и положения конкретных атомов.
-
Быстрее и точнее предшественника. На сравнении 41 активного сайта существующих ферментов система в 37 случаях обошла RFdiffusion2, а скорость генерации структур выросла примерно в десять раз.
-
Проверка практикой. Два спроектированных ИИ фермента — разлагающий параоксон и расщепляющий пептиды — в лабораторных экспериментах выполнили ожидаемые реакции. Проект открыт: код опубликован 3 декабря 2025 года, а 16 октября в Science вышла статья с описанием принципов работы.
-
Руководит нобелевский лауреат. Автор-корреспондент работы — Дэвид Бейкер из Вашингтонского университета, получивший Нобелевскую премию по химии 2024 года за предсказание структур белков.
Что дальше: Широкое применение системы в дизайне биомолекул — заявление авторов, а не подтверждённый результат: показаны лишь два успешно сработавших фермента. Итоги сравнения (37 из 41) характеризуют качество на одном классе задач, на других классах цифры могут отличаться. Следить стоит за тем, как быстро открытый код подхватят фармкомпании и лаборатории: атомная точность открывает путь к ферментам под конкретные реакции, катализаторам и терапевтическим молекулам. Дизайн белков превращается в гонку архитектур — у группы Бейкера появился прямой конкурент — разработчики AlphaFold3.